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三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理： 池 主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。 第二池 起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。 第三池 主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
三格的比例 池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。 化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
过粪管位置 过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。附有关平面图。
我们的眼见一般小区80%化粪池长期不清理，多者十几年，少者三五年，直接造成排污水口严重堵塞，化粪池内粪渣结块，有的粪渣形成厚度离盖口不到几公分，里面结块粪渣硬度很大。差不多5%（极少）化粪池虽然进行清理，但都是等化粪池水满，屎满到家里不敢开窗，出门脚无处走时，才进行抽运。大部分的化粪池物管单位和个人为了节约成本，都是零时委托社会上闲散清粪队伍进行清理，而需处置的粪渣除小部份有菜农，养鱼的渔民回收外，大部分的粪渣散倒在城市的各个角落。 还有 30%化粪池盖口存在着封闭现象，有的直接用混凝土封死，有的堵塞用铁制盖板的通气口。更夸张的是有的社区将休闲场所建立在化粪池场地上，为此，直接导致化粪池池内产生的沼气得不到有效排放。就算是要疏通或是清掏还不好动手。
随着因化粪池发生满溢的次数增多，市民想得到及时解决的心情也骤然加深。至此，社会上从事粪便清运队伍也应运而生。由于这些粪便清运队伍在从事作业时未进行从业资格审核许可，一开始就无法进行有效把关。造成这些粪便清运队伍在从事作业时，为了业务量，压低清运成本，无视法律、法规的规定方式进行清运和处置。调查得知，有的粪便装载车辆一路运载一路滴落，有的粪渣就就近散倒城市角落或倾倒城市江河里。使城市环境受到严重的二次污染。再者，因地面上外力造成强烈震动，使池体出现裂缝，造成粪便水渗漏地下，污染地下水源，及化粪池长期不清理造成排出污水严重超标等，会使城市环境受到二次污染。长时间不清理会引起爆炸。化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。